KH Husein Muhammad lahir di Cirebon, 9 Mei 1953. Setelah menyelesaikan pendidikan di Pesantren Lirboyo, Kediri, tahun 1973, beliau melanjutkan studi ke Perguruan Tinggi Ilmu Al-Qur’an (PTIQ) Jakarta, tamat tahun 1980. Kemudian melanjutan belajar ke Al-Azhar, Kairo, Mesir. Di tempat ini ia belajar mengaji secara individual pada sejumlah ulama Al-Azhar. Kembali ke Indonesia tahun 1983 dan menjadi salah seorang pengasuh Pondok Pesantren Dar Al-Tauhid, yang didirikan kakeknya tahun 1933 sampai sekarang.
Tahun 2001 mendirikan sejumlah lembaga swadaya masyarakat untuk isu-isu Hak-hak Perempuan, antara lain Rahima, Puan Amal Hayati, Fahmina Institute. Tahun 2007-2015 menjadi Komisioner Komisi Nasional Anti Kekerasan Terhadap Perempuan, sebuah lembaga Negara non Kementerian. Tahun 2008 mendirikan Perguruan Tinggi Institute Studi Islam Fahmina (ISIF) di Cirebon.
KH Husein Muhammad menerima Award (penghargaan) dari Pemerintah AS untuk “Heroes to End Modern-Day Slavery” tahun 2006. Namanya juga tercatat dalam “The 500 Most Influential Muslims” yang diterbitkan oleh The Royal Islamic Strategic Studies Center, tahun 2010-2011-2012-2013. Lembaga yang didirikannya, Fahmina Institute menerima penghargaan Opus Prize, Amerika Serikat, tahun 2013.
KH Husein Muhammad adalah salah satu dari sedikit ulama laki-laki yang banyak mencetuskan pemikiran-pemikiran kritis berbasis teks agama dan kitab-kitab kuning sebagai upayanya membela hak-hak perempuan dan membedah pemapanan relasi timpang.Tokoh-tokoh feminis lain yang sepemikiran di antaranya: Margot Badran, Asma Barlas, Amina Wadud, Fatima Mernissi, Lois Lamya al-Faruqi.
Di antara para feminis yang bergelut di dunia muslim, terdapat pertentangan antara pihak yang menyatakan bahwa teks kitab al-Qur’an sendiri merupakan akar masalah dari ketimpangan gender, dengan pihak yang menyatakan bahwa teks dalam kitab suci umat Islam tersebut merupakan teks yang sesungguhnya membebaskan perempuan.
M Nuruzzaman dalam bukunya Kiai Husein Membela Perempuan (2005), memaparkan dengan jelas hasil analisisnya terhadap apa yang diperjuangkan KH Husein Muhammad. Tidak ada sama sekali pemikiran-pemikiran KH Husein Muhammad yang bisa dipandang berasal dari sesuatu yang “asing” atau eksternal Islam, sebagaimana yang sering dituduhkan pada pemikiran feminisme Islam.
KH Husein Muhammad adalah pengusung yang konsisten dengan prinsip-prinsip dasar Islam, yaitu keadilan (‘adalah), musyawarah (syûrȃ), persamaan (musȃwah), menghargai kemajemukan (ta’addudiyah), toleran terhadap perbedaan (tasȃmuh), dan perdamaian (ishlȃh).
Selama ini tampaknya, seperti yang diamati oleh Nuruzzaman, aktivis gerakan feminis terlalu didominasi oleh mereka yang berlatar belakang sekular. Maka latar belakang KH Husein Muhammad yang berasal dari kalangan pesantren, membuat signifikansi perjuangannya menjadi kuat.
Tentu saja, pandangan-pandangan KH Husein Muhammad yang dituangkan dalam karya terkenalnya Fiqh Perempuan, Refleksi Kiai atas Wacana Keagamaan dan Gender, mengundang protes dari kalangan yang merasa keberatan dengan isinya. Tapi hingga kini, mereka yang merasa keberatan itu, belum ada yang sanggup menulis bantahan atas karya-karyanya (yang memang sulit dibantah).
Selain pemikirannya yang kritis, karya-karyanya yang tajam. Terdapat pula segudang aktivitas organisasi kiai Husain Muhammad.
