K.H. Musthofa adalah putra kelahiran desa Tebuwung, kecamatan Dukun, kabupaten Gresik, lahir pada bulan Sya’ban 1291 Hijriyah/Oktober 1871 Masehi.
Ayah beliau bernama K.H. Abd. Karim bin Abd. Qohar bin Darus bin Qinan bin Ali Mas’ud bin Ahmad Rifa’i bin Bisri bin Ahmad Dahlan bin Muhammad Ali bin Abd. Hamid bin Shodiq bin Raden Qosim (Sunan Drajat). Dengan demikian, apabila dihitung dari Sunan Drajat K.H. Musthofa adalah keturunan yang ke duabelas.
Sedangkan ibu beliau bernama Nyai Khodijah binti K.H. Mustahal bin Urfiyah binti Badruddin bin Nyai Walidin bin Ongkoyudo bin K. Abdulloh Sambu bin Nyai Abd. Jabbar binti R. Ayu Sambu binti Pangeran Wolo bin Raden Ainul Yaqin (Sunan Giri). Dengan demikian, urutan nasab beliau kepada Sunan Giri adalah keturunan yang ke duabelas pula.
Dalam pendidikan beliau mendapat pengarajaran pertama dari lingkungan keluarganya sendiri, terutama dari K.H. Abd. Karim ayahnya sendiri sekaligus pendiri Pondok Pesantren Al-Karimi Tebuwung Dukun. Setelah mendapatkan asuhan dari orang tua, atas izin orang tua beliau, beliau melanjutkan untuk menuntut ilmu ke tempat lain.
Pada mulanya beliau menimbah ilmu di pondok pesantren Sampurnan Bungah Gresik, yang diasuh oleh K.H. Muhammad Sholeh Tsani. Di sini yang beliau perdalam adalah pelajaran-pelajaran agama terutama Fiqih selama 5 tahun. Kemudian beliau melanjutkan perjalanan mencari ilmunya ke Pondok Pesantren Langitan Tuban yang saat itu diasuh oleh K.H. Ahmad Sholeh. Disana beliau memperdalam ilmu agama selama 3 tahun. Di pondok ini beliau bersahabat dengan KH. Hasyim Asy’ari (pendiri Pondok Pesantren Tebuireng Jombang). Selama 3 tahun itu ilmu yang beliau tekuni adalah tata bahasa (Nahwu, Sharaf dan Balaghah).
Tidak berhenti disitu, beliau melanjutkan untuk memperdalam ilmu agamanya di Pondok Pesantren Burno Bojonegoro, dan perantauan beliau dalam mencari ilmu yang terkahir kurang lebih dua tahun beliau memperdalam ilmunya di KH. Kholil Bangkalan
Ada cerita menarik pada saat beliau nyatri di KH. Kholil Bangkalan.
“Ada cerita sesudah lebih kurang satu tahun beliau berada di Pondok Pesantren KH. Kholil Bangkalan Madura, beliau ingin berjumpa dengan kiai Kholil namun belum bisa. Pada suatau hari beliau dipanggil oleh KH. Kholil dan disuruh memanjat pohon pepaya untuk mengambil buahnya, akan tetapi setelah di atas dan dapat mengambil buahnya oleh KH Kholil Bangkalan pohon pepaya itu ditebang (dipotong) sehingga pohon itu roboh bersama K.H. Musthofa dan pingsan. Setelah sadar bilau oleh kiai Kholil disuruh pulang dan agar mengajarkan ilmu yang diperolehnya.”
Wallahu a’lam bishawab.
Singkatnya, sepulang nyantri dari KH. Kholil Bangkalan beliau mendirikan Pondok Pesantren yang terletak di pesisir pantura kabupaten lamongan. Lahirnya pesantren ini tidak dapat lepas dari sejarah masyarakat Desa Kranji, Kecamatan Paciran, Kabupaten Lamongan, yang membutuhkan figur pemimpin yang benar-benar bisa menjadi panutan umat. Saat itulah nama KH. Musthofa diminta untuk menjadi sosok pemimpin umat, yang mayoritas penduduknya berprofesi sebagai nelayan.
Pondok Pesantren ini yang hadir karena kepedulian KH. Musthofa terhadap persoalan umat ini berdiri pada Jumadil Akhir 1316 H/Nopember 1898 M. kemudian lebih dikenal dengan nama Pondok Kranji, yang merupakan salah satu pesantren tertua di kawasan Pantura. Dalam waktu yang cukup singkat, lahan tanah pesantren pemberian H. Harun (warga Desa Kranji) yang dikenal angker itu ‘disulap’ menjadi sebuah bangunan pondok pesantren yang sederhana, tapi cukup bagi para santri untuk belajar. Mula-mula KH. Musthofa menggali sumur dan membangun Langgar Agung (sekarang Musholla Al-Ihsan) dengan dibantu para santri. Oleh karenanya, KH Musthofa merasa mantap untuk mendirikan dan mengembangkan Desa Kranji menjadi desa berbasis pondok Pesantren.
Pilihan Desa Kranji secara historis dan letak strategis adalah Pertama, merupakan Desa tertua, terbukti adanya Makam Ayu yang terletak sebelah barat Pondok Pesantren dan makam Gelondong yang berada di timur Pondok Pesantren. Nilai peninggalan makam yang cukup tua itu menggambarkan bahwa Desa Kranji merupakan Desa yang mempunyai nilai sejarah bagi masyarakatnya. Kedua, merupakan Desa yang mempunyai nilai strategis dan ekonomis. Hal ini dibuktikan dengan adanya bangunan peninggalan Belanda yang berada di kanan kiri jalan Daendels, dan sampai sekarang di Desa Kranji terdapat Pasar Tradisional yang menjadi pusat perputaran ekonomi bagi masyarakat Desa Kranji dan sekitarnya. Pondok Kranji sebagai pusat pendidikan ilmu agama langsung diterima oleh masyarakat luas, meski tidak sedikit pula masyarakat yang sempat menentangnya.
Wallahu a’lam bishawab.
